Riziko nebo závažnost nežádoucích účinků může být zvýšeno, pokud je Lamivudin kombinován s emtricitabinem. Riziko nebo závažnost nežádoucích účinků se může zvýšit, pokud se Valganciclovir kombinuje s emtricitabinem. Ribavirin může zvýšit hepatotoxické aktivity emtricitabinu. Riziko nebo závažnost nežádoucích účinků lze zvýšit, pokud je Ganciclovir kombinován s emtricitabinem.