Riziko nebo závažnost nežádoucích účinků může být zvýšeno při kombinaci Peginterferonu alfa-2a s Telbivudinem. Riziko nebo závažnost nežádoucích účinků se může zvýšit, pokud se Peginterferon alfa-2a kombinuje se Zidovudinem. Metabolismus Ambroxolu acefyllinátu může být snížen, pokud je kombinován s Peginterferonem alfa-2a. Riziko nebo závažnost nežádoucích účinků může být zvýšeno při kombinaci Peginterferonu alfa-2a s Aldesleukinem. Koncentrace tizanidinu v séru může být zvýšena, pokud je kombinován s Peginterferonem alfa-2a. Riziko nebo závažnost myelosuprese může být zvýšeno, pokud je Metamizole kombinován s Peginterferonem alfa-2a. Sérová koncentrace metadonu může být zvýšena, pokud je kombinován s Peginterferonem alfa-2a. Riziko nebo závažnost nežádoucích účinků může být zvýšeno při kombinaci Peginterferonu alfa-2a s Ribavirinem. Terapeutická účinnost Peginterferonu alfa-2a může být snížena při použití v kombinaci s Pegloticase. Riziko nebo závažnost nežádoucích účinků může být zvýšeno při kombinaci Peginterferonu alfa-2a s klozapinem. Metabolismus Theofylinu se může snížit v kombinaci s Peginterferonem alfa-2a. Metabolismus Aminofylinu může být snížen, pokud je kombinován s Peginterferonem alfa-2a. Metabolismus Dyphylinu může být snížen v kombinaci s Peginterferonem alfa-2a.