Riziko nebo závažnost nežádoucích účinků může být zvýšeno, pokud je Peginterferon beta-1a kombinován se Zidovudinem. Metabolismus Theofylinu může být snížen v kombinaci s Peginterferonem beta-1a. Metabolismus Ambroxolu acefyllinátu může být snížen, pokud je kombinován s Peginterferonem beta-1a. Metabolismus Dyphylinu může být snížen, pokud je kombinován s Peginterferonem beta-1a. Metabolismus aminofylinu může být snížen, pokud je kombinován s Peginterferonem beta-1a.